การทำนายโรคหลอดเลือดในสมองโดยใช้ XGBoost ใน python

Nattarika — Tue, 16 Apr 2024 16:00:10 +0000

บทความบน kaggle ได้นำเสนอวิธีการทำนายแนวโน้มของโรคหลอดเลือดในสมอง ซึ่งโรคหลอดเลือดในสมองเป็นสาเหตุของการเสียชีวิตที่สูงเป็นอันดับที่สองจากทั่วโลก โดยใช้ชุดข้อมูลขององค์กรอนามัยโลก(WHO) มาทำนาย เริ่มต้นจากการนำข้อมูลที่จำเป็นสำหรับการจัดการข้อมูลเข้า python และดำเนินการตามขั้นตอนการประมวลผล แกนหลักที่นำมาประยุกต์ใช้โมเดลในการเรียนรู้ขั้นสูงคือ XGBoost

การทำนายโดยใช้ XGBoost

ทำการ import ข้อมูล dataset จาก github

import pandas as pd
url = 'https://raw.githubusercontent.com/danielchristopher513/Brain_Stroke_Prediction_Using_Machine_Learning/main/healthcare-dataset-stroke-data.csv'
StrokeData = pd.read_csv(url)
StrokeData.head()

ฟังก์ชัน.info()

ฟังก์ชัน .info() จะแสดงข้อมูลพื้นฐานของ Dataset ที่เราเลือกมา เช่น จำนวน columns ชนิดของข้อมูล จำนวนข้อมูลที่ไม่ใช่ค่าว่าง(null) และหน่วยความจำ

StrokeData.info()

ฟังก์ชัน.describe()

ฟังก์ชัน.describe() จะแสดงข้อมูลสถิติเชิงลึกของข้อมูลที่เป็นตัวเลขใน Dataset เช่น ค่าเฉลี่ย ส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐาน เป็นต้น

StrokeData.describe()

ฟังก์ชัน.isnull() และ .sum()

ฟังก์ชัน.isnull() ฟังก์ชันที่ใช้ตรวจสอบค่าที่หายไปของ Dataset โดยจะใช้ True แทนค่าที่หายไปและใช้ False แทนค่าที่มีอยู่
ฟังก์ชัน.sum() ฟังก์ชันที่จะรวมค่าของ True ในแต่ละ columns เพื่อให้รู้ว่าในแต่ละ columns มีจำนวนค่าที่หายไปเท่าไหร่

StrokeData.isnull().sum()

ฟังก์ชัน.duplicated() และ .sum()

ฟังก์ชัน.duplicated() ฟังก์ชันที่ใช้ตรวจสอบค่าที่ซ้ำกันใน Dataset โดยจะใช้ True แทนค่าที่ซ้ำกันและใช้ False แทนค่าที่ไม่ซ้ำกัน
ฟังก์ชัน.sum() ฟังก์ชันที่จะรวมค่าของ True ในแต่ละ columns เพื่อให้รู้ว่าในแต่ละ columns มีจำนวนค่าที่ซ้ำกันไปเท่าไหร่

StrokeData.duplicated().sum()

สร้างแผนที่ความร้อน

import seaborn ใช้สร้างกราฟและ visualization เพื่อใช้วิเคราะห์ข้อมูล

import seaborn as sns

import matplotlib.pyplot ใช้สร้างกราฟและภาพถ่าย

import matplotlib.pyplot as plt

import LabelEncoder และ StandardScaler ทั้งสองเป็น class ของ sklearn.preprocessing โดยใช้แปลงข้อมูลแบบหมวดหมู่เป็นตัวเลขและปรับข้อมูลให้มี mean เท่ากับ 0 และ standard deviation เท่ากับ 1 เพื่อนำข้อมูลเข้าสู่ขั้นตอนการฝึกโมเดล

from sklearn.preprocessing import LabelEncoder
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
label_encoder = LabelEncoder()
scaler= StandardScaler()
df = StrokeData.apply(lambda x: label_encoder.fit_transform(x) if x.dtype == 'O' else x)
Stroke_dataup = pd.DataFrame(scaler.fit_transform(df), columns=df.columns)

คำนวณค่าของเมทริกซ์ใน DataFrame โดยใช้เมทริกซ์ความสัมพันธ์ของ pandas (cov()) และเปลี่ยนทุกค่าในเมทริกซ์ให้เป็นค่าบวกด้วย abs()

cov_matrix = abs(Stroke_dataup.cov())

กำหนดรูปภาพให้มีขนาด 10x10

plt.figure(figsize=(10, 10))

สร้างแผนที่ความร้อนจาก cov_matrix โดยกำหนดให้แสดงค่าตัวเลขด้วย annot=True และใช้สี cmap='copper' ในการแสดงผล ซึ่งกำหนดรูปแบบของตัวเลขในด้วย fmt='.2f'

sns.heatmap(cov_matrix, annot=True, cmap='copper', fmt='.2f', linewidths=.5)

กำหนดหัวข้อของแผนที่ความร้อนและแสดงกราฟของแปนที่ความร้อน

plt.title('Covariance Matrix Heatmap')
plt.show()

ผลลัพธ์ที่ได้คือแผนที่ความร้อนแสดงความสัมพันธ์ระหว่างคู่ของคุณลักษณะ (features) ใน Dataset ซึ่งสามารถช่วยในการวิเคราะห์และเข้าใจความสัมพันธ์ระหว่างข้อมูลได้ง่ายขึ้น เช่น สีสว่างแสดงถึงความสัมพันธ์บวกและสีเข้มแสดงถึงความสัมพันธ์ลบ ตามค่าที่แสดงในแต่ละช่องของแผนที่ความร้อน

Drop

ปรับข้อมูลใน DataFrame โดยกำหนดให้ลบคอลัมน์ที่มีชื่อว่า 'id' และ 'gender' ออกจาก DataFrame โดยใช้ .drop() กับพารามิเตอร์ axis=1 เพื่อกำหนดว่าจะลบคอลัมน์ไหน เพื่อไม่ให้การเปลี่ยนแปลงนี้ส่งผลต่อ DataFrame และทำการเก็บผลลัพธ์ใน DataFrame

df=df.drop([ 'id', 'gender' ], axis=1)
X_StrokeData=df.drop(['stroke'], axis=1)
Y_StrokeData=df['stroke']
X_StrokeData = pd.DataFrame(scaler.fit_transform(X_StrokeData), columns=X_StrokeData.columns)

XGBoost

ใช้ XGBoost และ cross-validation เพื่อประเมินประสิทธิภาพของโมเดลโดย

โหลดไลบรารี XGBoost
โหลดฟังก์ชัน KFold และ cross_val_score จากไลบรารี sklearn.model_selection เพื่อทำ Cross-validation
กำหนดโมเดล XGBoost โดยใช้ XGBClassifier และกำหนดพารามิเตอร์ต่าง ๆ
กำหนด KFold เพื่อทำ Cross-validation โดยกำหนดจำนวน Split และค่า random_state
ใช้ cross_val_score เพื่อประเมินประสิทธิภาพของโมเดล

import xgboost as xgb
from sklearn.model_selection import KFold, cross_val_score

model = xgb.XGBClassifier(
    n_estimators=100,
    max_depth=5,
    learning_rate=0.2,
    objective='binary:logistic',
    random_state=42
)

kf = KFold(n_splits=4, shuffle=True, random_state=42)
cv_results = cross_val_score(model, X_StrokeData, Y_StrokeData, cv=kf, scoring='accuracy')
accuracy = cv_results
average_accuracy = cv_results.mean()

คำนวณความแม่นยำของแต่ละรอบ และความแม่นยำเฉลี่ยของทั้งหมด
แสดงผลลัพธ์ความแม่นยำในแต่ละรอบ และความแม่นยำเฉลี่ยทั้งหมด

print("Accuracy for each fold:", accuracy)
print("Average Accuracy across all folds:", average_accuracy)

ถ้าเราลองลบคอลัมน์ให้เหลือแค่ 5 คอลัมน์จะเกิดอะไรขึ้น

StrokeData = StrokeData[['age', 'hypertension',
       'heart_disease','avg_glucose_level','stroke']]

StrokeData.head()

StrokeData.info()

StrokeData.describe()

StrokeData.isnull().sum()

StrokeData.duplicated().sum()

import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn.preprocessing import LabelEncoder
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
label_encoder = LabelEncoder()
scaler= StandardScaler()
df = StrokeData.apply(lambda x: label_encoder.fit_transform(x) if x.dtype == 'O' else x)
Stroke_dataup = pd.DataFrame(scaler.fit_transform(df), columns=df.columns)
cov_matrix = abs(Stroke_dataup.cov())
plt.figure(figsize=(5, 5))
sns.heatmap(cov_matrix, annot=True, cmap='copper', fmt='.2f', linewidths=.5)
plt.title('Covariance Matrix Heatmap')
plt.show()

import xgboost as xgb
from sklearn.model_selection import KFold, cross_val_score

model = xgb.XGBClassifier(
    n_estimators=100,
    max_depth=5,
    learning_rate=0.2,
    objective='binary:logistic',
    random_state=42
)

kf = KFold(n_splits=4, shuffle=True, random_state=42)
accuracy = cv_results
average_accuracy = cv_results.mean()

print("Accuracy for each fold:", accuracy)
print("Average Accuracy across all folds:", average_accuracy)

สรุปผล

เมื่อเราได้ใช้ XGBoost และกระบวนการ Cross-validation ในการทำนายโรคหลอดเลือดในสมองโดยตัวอย่างแรกใช้ชุด Dataset ทั้งหมด ผลลัพธ์ที่ได้คือค่าความแม่นยำของโมเดล = 0.947 และตัวอย่างที่สองได้ลบคอลัมน์ให้เหลือเพียง 5 คอลัมน์ ผลลัพธ์ที่ได้คือค่าความแม่นยำของโมเดล = 0.948 ซึ่งค่าความแม่นยำยิ่งมีค่ามากยิ่งดี

References

https://www.kaggle.com/code/chiragchiku25/stroke-prediction-using-xgboost
https://www.kaggle.com/code/onurrr90/heart-science-stroke-prediction-with-ai

Forem: Nattarika

การทำนายโรคหลอดเลือดในสมองโดยใช้ XGBoost ใน python